Neste Select está sendo usado os dados do subselect no select externo, e isso só podemos fazer com o subselect no INNER JOIN.
SELECT sum(fdr.`resumo_no_prazo`) as Aberta, sum(fdr.`resumo_atrasado`) as Atraso, fda.dt
FROM tb_fatura_resumo fdr
INNER JOIN (
SELECT max(atualizacao_id) as id, DATE_FORMAT(atualizacao_data, ‘%d/%m/%Y’) as dt
FROM tb_fatura_doe_atualizacao t
WHERE atualizacao_data > ‘2012-07-01’
GROUP BY DATE_FORMAT(atualizacao_data, ‘%d/%m/%Y’)
) AS fda
ON fdr.`atualizacao_id` = fda.id
GROUP BY fda.dt
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